περιοδικό και εκδόσεις Κουκούτσι
Σαν σήμερα το 1836 Ο Δαρβίνος επέστρεψε στην Αγγλία, μετά από ένα πενταετές ταξίδι για την αναζήτηση στοιχείων, που τον βοήθησαν στη διατύπωση της θεωρίας της φυσικής επιλογής. Ο Δαρβίνος πέρασε τα δύο τρίτα του χρόνου του ερευνώντας στη στεριά. Μελέτησε μια μεγάλη ποικιλία γεωλογικών χαρακτηριστικών, απολιθώματα και ζώντες οργανισμούς και συνάντησε πολλούς διαφορετικούς λαούς, ιθαγενείς και αποίκους.Συγκέντρωσε με μεθοδικότητα τεράστιο αριθμό δειγμάτων, πολλά από τα οποία ήταν καινούρια για την επιστήμη. Αυτό εδραίωσε τη φήμη του ως φυσιοδίφη και τον κατέστησε έναν από τους προδρόμους στον τομέα της οικολογίας, και κυρίως όσον αφορά την έννοια της βιοκοινότητας. Οι εκτεταμένες, λεπτομερείς σημειώσεις του φανέρωσαν το ταλέντο του στην ανάπτυξη θεωριών και αποτέλεσαν τη βάση για το μετέπειτα έργο του, ενώ παράλληλα διεύρυναν το κοινωνικό, πολιτικό και ανθρωπολογικό πεδίο αντίληψης των περιοχών που επισκέφθηκε.
Κατά την διάρκεια του ταξιδιού ο Δαρβίνος διάβασε το βιβλίο του Κάρολου Λάιελ Αρχές της Γεωλογίας (Principles of Geology), το οποίο εξηγεί ότι τα γεωλογικά χαρακτηριστικά είναι το αποτέλεσμα σταδιακών διαδικασιών σε πολύ μεγάλες χρονικές διάρκειες. Στην αλληλογραφία του έγραφε ότι έβλεπε τους διάφορους γεωλογικούς σχηματισμούς «σαν να είχε τα μάτια του Λάιελ»: θεώρησε πως οι πεδιάδες με όστρακα και βότσαλα που είδε στην Παταγονία ήταν υψωμένες ακτές. Στη Χιλή, βίωσε την εμπειρία του σεισμού, και παρατήρησε στρώσεις από μύδια που είχαν ξεβραστεί στη στεριά ψηλότερα από το επίπεδο της πλημμυρίδας, κάτι που φανέρωνε ανύψωση του εδάφους. Ακόμα και σε μεγάλα ύψη στις Άνδεις, κατάφερε να συλλέξει όστρακα. Υπέθεσε ότι κοραλλιογενείς ύφαλοι σχηματίζονται σε βυθιζόμενα ηφαιστειογενή βουνά, μια ιδέα που επιβεβαιώθηκε όταν το Beagle εξερεύνησε τα νησιά Cocos (Keeling).
Στη Νότια Αμερική ανακάλυψε απολιθώματα γιγάντιων εξαφανισμένων θηλαστικών περιλαμβανομένων των μεγαθηρίων και γλυπτοδόντων σε γεωλογικά στρώματα που δεν έδειχναν σημάδια καταστροφής ή αλλαγής κλίματος. Εκείνη την εποχή, πίστευε ότι ήταν παρόμοια με είδη της Αφρικής, αλλά μετά το ταξίδι ο Ρίτσαρντ Όουεν απέδειξε ότι τα λείψανα ανήκαν σε ζώα που σχετίζονταν με ζωντανούς οργανισμούς της ίδιας περιοχής. Στην Αργεντινή δύο είδη ρέας (είδος πτηνού που μοιάζει με στρουθοκάμηλο) ζούσαν σε ξεχωριστές αλλά μερικώς συμπίπτουσες περιοχές. Στα Νησιά Γκαλαπάγκος ο Δαρβίνος ανακάλυψε ότι οι ατριχόρνιθες (mockingbirds) διέφεραν από νησί σε νησί, και επιστρέφοντας στη Βρετανία έμαθε ότι οι χελώνες και οι σπίνοι των νησιών Γκαλαπάγκος ανήκαν σε ξεχωριστά είδη, ανάλογα με το συγκεκριμένο νησί στο οποίο ζούσαν. Το μαρσιποφόρο καγκουρό της Αυστραλίας και ο πλατύπους ήταν τόσο εντυπωσιακά και ασυνήθιστα ζώα, που του προκάλεσαν τη σκέψη ότι «Ένας άπιστος...θα μπορούσε να αναφωνήσει: Σαφώς δύο διαφορετικοί δημιουργοί πρέπει να έχουν βάλει το χέρι τους». Όλα αυτά που είδε τον προβλημάτισαν και ενώ στην πρώτη έκδοση του The Voyage of the Beagle εξήγησε την κατανομή των ειδών υπό το φως των ιδεών περί "κέντρων της δημιουργίας" του Κάρολου Λάιελ, σε μεταγενέστερες εκδόσεις αυτού του ημερολογίου προμήνυσε τη χρήση της πανίδας των νησιών Γκαλαπάγκος ως ενδείξεις της εξέλιξης: "μπορεί κανείς να φανταστεί ότι από την αρχική περιορισμένη ποικιλότητα πουλιών σ΄αυτό το αρχιπέλαγος, κάθε ένα είδος μετεξελίχθηκε σε διαφορετικά είδη."
Τρεις ιθαγενείς ιεραπόστολοι επέστρεψαν με το Beagle στην Γη του Πυρός. Είχαν εκπολιτιστεί στην Αγγλία τα δύο προηγούμενα χρόνια, ωστόσο οι συγγενείς τους φαίνονταν στον Δαρβίνο «άγριοι», λίγο πιο πάνω από ζώα. Μέσα σε ένα χρόνο, οι ιεραπόστολοι υιοθέτησαν ξανά το σκληρό και πρωτόγονο τρόπο ζωής της φυλής τους, αλλά αυτό ήταν δική τους επιλογή και δεν ήθελαν να επιστρέψουν στον «πολιτισμό». Αυτή η εμπειρία και η απέχθειά του για τη δουλεία και για άλλες μορφές βίας που είδε σε άλλα μέρη, όπως η κακομεταχείριση των ιθαγενών από τους Άγγλους εποίκους στην Τανζανία, έπεισαν το Δαρβίνο ότι η κακομεταχείριση ανθρώπων βασισμένη στην έννοια της φυλής δεν δικαιολογείτο ηθικά. Τώρα πίστευε ότι η ανθρωπότητα δεν ήταν τόσο απομακρυσμένη από τα ζώα όσο πίστευαν οι κληρικοί φίλοι του.[2]
Ενώ βρισκόταν στο πλοίο, ο Δαρβίνος υπέφερε από ναυτία. Τον Οκτώβριο του 1833 αρρώστησε με πυρετό στην Αργεντινή, και τον Ιούλιο του 1834, ενώ επέστρεφε από τις Άνδεις στο Valparaíso, ένιωσε άρρωστος και πέρασε ένα μήνα στο κρεβάτι. Από το 1837 και μετά, ο Δαρβίνος ήταν επανειλημμένα κατάκοιτος με επεισόδια στομαχόπονου, εμετού, πυρετού, ταχυπαλμιών, ρίγους και άλλων συμπτωμάτων. Αυτά τα συμπτώματα τον επηρέαζαν κυρίως σε εποχές άγχους, όπως όταν συμμετείχε σε συναντήσεις ή σε διαμάχες σχετικά με τη θεωρία του. Η αιτία της ασθένειας του Δαρβίνου παρέμενε άγνωστη κατά τη διάρκεια της ζωής του, και οι προσπάθειες για θεραπεία δεν είχαν μεγάλη επιτυχία. Πρόσφατες εικασίες υποστήριξαν ότι στη Νότια Αμερική κόλλησε την ασθένεια Chagas από τσιμπήματα εντόμων, κάτι που οδήγησε σε περαιτέρω προβλήματα. Άλλες πιθανολογούμενες αιτίες ήταν τα ψυχοσωματικά προβλήματα και η ασθένεια του Ménière.